Щефен Баумгарт бе назначен за старши треньор на германския клуб Унион (Берлин), където прекара две години от активната си състезателна кариера. Той замени на поста Бо Свенсон, който бе освободен след серия от девет мача без победа във всички турнири. 

Баумгарт игра за Унион в периода 2002-2004, когато отборът бе във втора дивизия. Той бе сред най-големите любимци на привържениците на столичния тим. 

"Спряхме се на Щефен Баумгарт, защото сме убедени, че той е правилният треньор за нас. Той е лидер, който окуражава и предизвиква футболистите си, а това беше важно за крайното ни решение", заяви спортният директор на отбора Хорст Хелдт. 

"Още повече, той има опит в Бундеслигата и познава много добре обстановката в Унион. Щефен не се нуждае от дълго време за адаптация и бързо ще зададе нова посока на развитие на отбора".